Experiment
library(gtsummary)
trial |>
tbl_wide_summary(
include = c(response, grade),
statistic = c("{n}", "{p}")
) |>
str()
## List of 6
## $ table_body : tibble [5 × 7] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ variable : chr [1:5] "response" "grade" "grade" "grade" ...
## ..$ var_type : chr [1:5] "dichotomous" "categorical" "categorical" "categorical" ...
## ..$ var_label: chr [1:5] "Tumor Response" "Grade" "Grade" "Grade" ...
## ..$ row_type : chr [1:5] "label" "label" "level" "level" ...
## ..$ label : chr [1:5] "Tumor Response" "Grade" "I" "II" ...
## ..$ stat_1 : chr [1:5] "61" NA "68" "68" ...
## ..$ stat_2 : chr [1:5] "32" NA "34" "34" ...
## $ table_styling:List of 8
## ..$ header : tibble [7 × 11] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ column : chr [1:7] "variable" "var_type" "var_label" "row_type" ...
## .. ..$ hide : logi [1:7] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE ...
## .. ..$ align : chr [1:7] "center" "center" "center" "center" ...
## .. ..$ interpret_label : chr [1:7] "gt::md" "gt::md" "gt::md" "gt::md" ...
## .. ..$ label : chr [1:7] "variable" "var_type" "var_label" "row_type" ...
## .. ..$ interpret_spanning_header: chr [1:7] "gt::md" "gt::md" "gt::md" "gt::md" ...
## .. ..$ spanning_header : chr [1:7] NA NA NA NA ...
## .. ..$ modify_stat_N : int [1:7] 200 200 200 200 200 200 200
## .. ..$ modify_stat_n : int [1:7] 200 200 200 200 200 200 200
## .. ..$ modify_stat_p : num [1:7] 1 1 1 1 1 1 1
## .. ..$ modify_stat_level : chr [1:7] "Overall" "Overall" "Overall" "Overall" ...
## ..$ footnote : tibble [0 × 4] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ column : chr(0)
## .. ..$ rows : list()
## .. ..$ text_interpret: chr(0)
## .. ..$ footnote : chr(0)
## ..$ footnote_abbrev: tibble [0 × 4] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ column : chr(0)
## .. ..$ rows : list()
## .. ..$ text_interpret: chr(0)
## .. ..$ footnote : chr(0)
## ..$ text_format : tibble [0 × 4] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ column : chr(0)
## .. ..$ rows : list()
## .. ..$ format_type : chr(0)
## .. ..$ undo_text_format: logi(0)
## ..$ indent : tibble [2 × 3] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ column : chr [1:2] "label" "label"
## .. ..$ rows :List of 2
## .. .. ..$ : logi TRUE
## .. .. ..$ : language ~.data$row_type %in% c("level", "missing")
## .. .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0x7fc7aee1d5f8>
## .. ..$ n_spaces: int [1:2] 0 4
## ..$ fmt_missing : tibble [0 × 3] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ column: chr(0)
## .. ..$ rows : list()
## .. ..$ symbol: chr(0)
## ..$ fmt_fun : tibble [0 × 3] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ column : chr(0)
## .. ..$ rows : list()
## .. ..$ fmt_fun: list()
## ..$ cols_merge : tibble [0 × 3] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ column : chr(0)
## .. ..$ rows : list()
## .. ..$ pattern: chr(0)
## $ call_list :List of 2
## ..$ modify_table_styling: language modify_table_styling(x = x, columns = "label", rows = .data$row_type %in% c("level", "missing"), label = glu| __truncated__ ...
## ..$ modify_footnote : language modify_header(x = modify_table_styling(x, columns = "label", label = glue("**{translate_string('Characteristic')}| __truncated__ ...
## $ cards :List of 1
## ..$ tbl_wide_summary: card [27 × 9] (S3: card/tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ variable : chr [1:27] "response" "response" "grade" "grade" ...
## .. ..$ variable_level:List of 27
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 1
## .. .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 1
## .. .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 1
## .. .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2
## .. .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2
## .. .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2
## .. .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 3
## .. .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 3
## .. .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 3
## .. .. ..$ : int 1
## .. .. ..$ : int 1
## .. .. ..$ : int 1
## .. ..$ context : chr [1:27] "attributes" "attributes" "attributes" "attributes" ...
## .. ..$ stat_name : chr [1:27] "label" "class" "levels" "class" ...
## .. ..$ stat_label : chr [1:27] "Variable Label" "Variable Class" "levels" "Variable Class" ...
## .. ..$ stat :List of 27
## .. .. ..$ : chr "Tumor Response"
## .. .. ..$ : chr "integer"
## .. .. ..$ : chr [1:3] "I" "II" "III"
## .. .. ..$ : chr "factor"
## .. .. ..$ : chr "Grade"
## .. .. ..$ : int 200
## .. .. ..$ : int 7
## .. .. ..$ : int 193
## .. .. ..$ : num 0.035
## .. .. ..$ : num 0.965
## .. .. ..$ : int 200
## .. .. ..$ : int 0
## .. .. ..$ : int 200
## .. .. ..$ : num 0
## .. .. ..$ : num 1
## .. .. ..$ : int 68
## .. .. ..$ : int 200
## .. .. ..$ : num 0.34
## .. .. ..$ : int 68
## .. .. ..$ : int 200
## .. .. ..$ : num 0.34
## .. .. ..$ : int 64
## .. .. ..$ : int 200
## .. .. ..$ : num 0.32
## .. .. ..$ : int 61
## .. .. ..$ : int 193
## .. .. ..$ : num 0.316
## .. ..$ fmt_fn :List of 27
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ : int 0
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ : int 0
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ : int 0
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ :function (x)
## .. .. ..$ : int 0
## .. .. ..$ :function (x)
## .. ..$ warning :List of 27
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. ..$ error :List of 27
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## .. .. ..$ : NULL
## $ inputs :List of 8
## ..$ data : tibble [200 × 8] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## .. ..$ trt : chr [1:200] "Drug A" "Drug B" "Drug A" "Drug A" ...
## .. .. ..- attr(*, "label")= chr "Chemotherapy Treatment"
## .. ..$ age : num [1:200] 23 9 31 NA 51 39 37 32 31 34 ...
## .. .. ..- attr(*, "label")= chr "Age"
## .. ..$ marker : num [1:200] 0.16 1.107 0.277 2.067 2.767 ...
## .. .. ..- attr(*, "label")= chr "Marker Level (ng/mL)"
## .. ..$ stage : Factor w/ 4 levels "T1","T2","T3",..: 1 2 1 3 4 4 1 1 1 3 ...
## .. .. ..- attr(*, "label")= chr "T Stage"
## .. ..$ grade : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2 1 2 3 3 1 2 1 2 1 ...
## .. .. ..- attr(*, "label")= chr "Grade"
## .. ..$ response: int [1:200] 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 ...
## .. .. ..- attr(*, "label")= chr "Tumor Response"
## .. ..$ death : int [1:200] 0 0 0 1 1 1 0 1 0 1 ...
## .. .. ..- attr(*, "label")= chr "Patient Died"
## .. ..$ ttdeath : num [1:200] 24 24 24 17.6 16.4 ...
## .. .. ..- attr(*, "label")= chr "Months to Death/Censor"
## ..$ label : list()
## ..$ statistic:List of 2
## .. ..$ response: chr [1:2] "{n}" "{p}"
## .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
## .. ..$ grade : chr [1:2] "{n}" "{p}"
## .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
## ..$ digits :List of 2
## .. ..$ response:List of 7
## .. .. ..$ n :function (x)
## .. .. ..$ p :function (x)
## .. .. ..$ N_obs :function (x)
## .. .. ..$ N_miss :function (x)
## .. .. ..$ N_nonmiss:function (x)
## .. .. ..$ p_miss :function (x)
## .. .. ..$ p_nonmiss:function (x)
## .. ..$ grade :List of 7
## .. .. ..$ n :function (x)
## .. .. ..$ p :function (x)
## .. .. ..$ N_obs :function (x)
## .. .. ..$ N_miss :function (x)
## .. .. ..$ N_nonmiss:function (x)
## .. .. ..$ p_miss :function (x)
## .. .. ..$ p_nonmiss:function (x)
## ..$ type :List of 2
## .. ..$ response: chr "dichotomous"
## .. ..$ grade : chr "categorical"
## ..$ value :List of 2
## .. ..$ response: int 1
## .. ..$ grade : NULL
## ..$ sort :List of 1
## .. ..$ grade: chr "alphanumeric"
## ..$ include : chr [1:2] "response" "grade"
## $ :List of 1
## ..$ tbl_wide_summary: language tbl_wide_summary(data = trial, statistic = c("{n}", "{p}"), include = c(response, grade))
## - attr(*, "class")= chr [1:2] "tbl_wide_summary" "gtsummary"
trial |>
tbl_wide_summary(
include = c(age, marker),
statistic = c("{median}", "{p25}, {p75}")
) ->
out
trial |>
tbl_summary(
include = age,
type = all_continuous() ~ "continuous2",
statistic = all_continuous() ~ c("{mean} ({sd})",
"{median} ({p25}, {p75})",
"{min}, {max}"),
digits = age ~ list(sd = 2), # show the SD to 2 decimal places
missing = "no"
) ->
out
trial |>
tbl_summary(
include = c(age, grade, response),
by = trt, # split table by group
missing = "no" # dont list missing data separately
) |>
add_n() %>% # add column with total number of non-missing observations
modify_header(label = "**Variable**") %>% # update the column header
bold_labels() ->
gtstable
names(gtstable)
## [1] "table_body" "table_styling" "call_list" "cards"
## [5] "inputs"
str(gtstable$table_body)
## tibble [6 × 8] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## $ variable : chr [1:6] "age" "grade" "grade" "grade" ...
## $ var_type : chr [1:6] "continuous" "categorical" "categorical" "categorical" ...
## $ row_type : chr [1:6] "label" "label" "level" "level" ...
## $ var_label: chr [1:6] "Age" "Grade" "Grade" "Grade" ...
## $ label : chr [1:6] "Age" "Grade" "I" "II" ...
## $ n : chr [1:6] "189" "200" NA NA ...
## $ stat_1 : chr [1:6] "46 (37, 60)" NA "35 (36%)" "32 (33%)" ...
## $ stat_2 : chr [1:6] "48 (39, 56)" NA "33 (32%)" "36 (35%)" ...
str(gtstable$table_styling)
## List of 8
## $ header : tibble [8 × 11] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ column : chr [1:8] "variable" "var_type" "row_type" "var_label" ...
## ..$ hide : logi [1:8] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE ...
## ..$ align : chr [1:8] "center" "center" "center" "center" ...
## ..$ interpret_label : chr [1:8] "gt::md" "gt::md" "gt::md" "gt::md" ...
## ..$ label : chr [1:8] "variable" "var_type" "row_type" "var_label" ...
## ..$ interpret_spanning_header: chr [1:8] "gt::md" "gt::md" "gt::md" "gt::md" ...
## ..$ spanning_header : chr [1:8] NA NA NA NA ...
## ..$ modify_stat_N : int [1:8] 200 200 200 200 200 NA 200 200
## ..$ modify_stat_n : int [1:8] NA NA NA NA NA NA 98 102
## ..$ modify_stat_p : num [1:8] NA NA NA NA NA NA 0.49 0.51
## ..$ modify_stat_level : chr [1:8] NA NA NA NA ...
## $ footnote : tibble [2 × 4] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ column : chr [1:2] "stat_1" "stat_2"
## ..$ rows :List of 2
## .. ..$ : language ~NULL
## .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_EmptyEnv>
## .. ..$ : language ~NULL
## .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_EmptyEnv>
## ..$ text_interpret: chr [1:2] "gt::md" "gt::md"
## ..$ footnote : chr [1:2] "Median (Q1, Q3); n (%)" "Median (Q1, Q3); n (%)"
## $ footnote_abbrev: tibble [0 × 4] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ column : chr(0)
## ..$ rows : list()
## ..$ text_interpret: chr(0)
## ..$ footnote : chr(0)
## $ text_format : tibble [1 × 4] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ column : chr "label"
## ..$ rows :List of 1
## .. ..$ : language ~.data$row_type == "label"
## .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0x7fc7ad569720>
## ..$ format_type : chr "bold"
## ..$ undo_text_format: logi FALSE
## $ indent : tibble [2 × 3] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ column : chr [1:2] "label" "label"
## ..$ rows :List of 2
## .. ..$ : logi TRUE
## .. ..$ : language ~.data$row_type %in% c("level", "missing")
## .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0x7fc7b02c1210>
## ..$ n_spaces: int [1:2] 0 4
## $ fmt_missing : tibble [0 × 3] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ column: chr(0)
## ..$ rows : list()
## ..$ symbol: chr(0)
## $ fmt_fun : tibble [0 × 3] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ column : chr(0)
## ..$ rows : list()
## ..$ fmt_fun: list()
## $ cols_merge : tibble [0 × 3] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ column : chr(0)
## ..$ rows : list()
## ..$ pattern: chr(0)
str(gtstable$call_list)
## List of 4
## $ tbl_summary : language tbl_summary(data = trial, by = trt, missing = "no", include = c(age, grade, response))
## $ add_n : language add_n.tbl_summary(x = tbl_summary(trial, include = c(age, grade, response), by = trt, missing = "no"))
## $ modify_footnote: language modify_header(x = ., label = "**Variable**")
## $ bold_labels : language bold_labels.gtsummary(x = .)
str(gtstable$cards)
## List of 2
## $ tbl_summary: card [75 × 12] (S3: card/tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ group1 : chr [1:75] NA NA NA NA ...
## ..$ group1_level :List of 75
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## ..$ variable : chr [1:75] "age" "age" "grade" "grade" ...
## ..$ variable_level:List of 75
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug A"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : chr "Drug B"
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 1
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 1
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 1
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 1
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 1
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 1
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 3
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 3
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 3
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 3
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 3
## .. ..$ : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 3
## .. ..$ : int 1
## .. ..$ : int 1
## .. ..$ : int 1
## .. ..$ : int 1
## .. ..$ : int 1
## .. ..$ : int 1
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## ..$ context : chr [1:75] "attributes" "attributes" "attributes" "attributes" ...
## ..$ stat_name : chr [1:75] "label" "class" "levels" "class" ...
## ..$ stat_label : chr [1:75] "Variable Label" "Variable Class" "levels" "Variable Class" ...
## ..$ stat :List of 75
## .. ..$ : chr "Age"
## .. ..$ : chr "numeric"
## .. ..$ : chr [1:3] "I" "II" "III"
## .. ..$ : chr "factor"
## .. ..$ : chr "Grade"
## .. ..$ : chr "Tumor Response"
## .. ..$ : chr "integer"
## .. ..$ : chr "Chemotherapy Treatment"
## .. ..$ : chr "character"
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : int 7
## .. ..$ : int 91
## .. ..$ : num 0.0714
## .. ..$ : num 0.929
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : num 0
## .. ..$ : num 1
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : int 3
## .. ..$ : int 95
## .. ..$ : num 0.0306
## .. ..$ : num 0.969
## .. ..$ : int 102
## .. ..$ : int 4
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : num 0.0392
## .. ..$ : num 0.961
## .. ..$ : int 102
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ : int 102
## .. ..$ : num 0
## .. ..$ : num 1
## .. ..$ : int 102
## .. ..$ : int 4
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : num 0.0392
## .. ..$ : num 0.961
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : int 200
## .. ..$ : num 0.49
## .. ..$ : int 102
## .. ..$ : int 200
## .. ..$ : num 0.51
## .. ..$ : int 35
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : num 0.357
## .. ..$ : int 33
## .. ..$ : int 102
## .. ..$ : num 0.324
## .. ..$ : int 32
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : num 0.327
## .. ..$ : int 36
## .. ..$ : int 102
## .. ..$ : num 0.353
## .. ..$ : int 31
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : num 0.316
## .. ..$ : int 33
## .. ..$ : int 102
## .. ..$ : num 0.324
## .. ..$ : int 28
## .. ..$ : int 95
## .. ..$ : num 0.295
## .. ..$ : int 33
## .. ..$ : int 98
## .. ..$ : num 0.337
## .. ..$ : num 46
## .. ..$ : num 37
## .. ..$ : num 60
## .. ..$ : num 48
## .. ..$ : num 39
## .. ..$ : num 56
## ..$ fmt_fn :List of 75
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## ..$ warning :List of 75
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## ..$ error :List of 75
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## ..$ gts_column : chr [1:75] NA NA NA NA ...
## $ add_n : card [15 × 9] (S3: card/tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ variable : chr [1:15] "age" "age" "age" "age" ...
## ..$ context : chr [1:15] "missing" "missing" "missing" "missing" ...
## ..$ stat_name : chr [1:15] "N_obs" "N_miss" "N_nonmiss" "p_miss" ...
## ..$ stat_label: chr [1:15] "Vector Length" "N Missing" "N Non-missing" "% Missing" ...
## ..$ stat :List of 15
## .. ..$ : int 200
## .. ..$ : int 11
## .. ..$ : int 189
## .. ..$ : num 0.055
## .. ..$ : num 0.945
## .. ..$ : int 200
## .. ..$ : int 0
## .. ..$ : int 200
## .. ..$ : num 0
## .. ..$ : num 1
## .. ..$ : int 200
## .. ..$ : int 7
## .. ..$ : int 193
## .. ..$ : num 0.035
## .. ..$ : num 0.965
## ..$ stat_fmt :List of 15
## .. ..$ : chr "200"
## .. ..$ : chr "11"
## .. ..$ : chr "189"
## .. ..$ : chr "5.5"
## .. ..$ : chr "95"
## .. ..$ : chr "200"
## .. ..$ : chr "0"
## .. ..$ : chr "200"
## .. ..$ : chr "0"
## .. ..$ : chr "100"
## .. ..$ : chr "200"
## .. ..$ : chr "7"
## .. ..$ : chr "193"
## .. ..$ : chr "3.5"
## .. ..$ : chr "97"
## ..$ fmt_fn :List of 15
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## .. ..$ :function (x)
## ..$ warning :List of 15
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## ..$ error :List of 15
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
## .. ..$ : NULL
str(gtstable$inputs)
## List of 13
## $ data : tibble [200 × 8] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## ..$ trt : chr [1:200] "Drug A" "Drug B" "Drug A" "Drug A" ...
## .. ..- attr(*, "label")= chr "Chemotherapy Treatment"
## ..$ age : num [1:200] 23 9 31 NA 51 39 37 32 31 34 ...
## .. ..- attr(*, "label")= chr "Age"
## ..$ marker : num [1:200] 0.16 1.107 0.277 2.067 2.767 ...
## .. ..- attr(*, "label")= chr "Marker Level (ng/mL)"
## ..$ stage : Factor w/ 4 levels "T1","T2","T3",..: 1 2 1 3 4 4 1 1 1 3 ...
## .. ..- attr(*, "label")= chr "T Stage"
## ..$ grade : Factor w/ 3 levels "I","II","III": 2 1 2 3 3 1 2 1 2 1 ...
## .. ..- attr(*, "label")= chr "Grade"
## ..$ response: int [1:200] 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 ...
## .. ..- attr(*, "label")= chr "Tumor Response"
## ..$ death : int [1:200] 0 0 0 1 1 1 0 1 0 1 ...
## .. ..- attr(*, "label")= chr "Patient Died"
## ..$ ttdeath : num [1:200] 24 24 24 17.6 16.4 ...
## .. ..- attr(*, "label")= chr "Months to Death/Censor"
## $ by : chr "trt"
## $ label : list()
## $ statistic :List of 3
## ..$ age : chr "{median} ({p25}, {p75})"
## .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0x7fc7aea168e0>
## ..$ grade : chr "{n} ({p}%)"
## .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0x7fc7aea168e0>
## ..$ response: chr "{n} ({p}%)"
## .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0x7fc7aea168e0>
## $ digits :List of 3
## ..$ age :List of 8
## .. ..$ median :function (x)
## .. ..$ p25 :function (x)
## .. ..$ p75 :function (x)
## .. ..$ N_obs :function (x)
## .. ..$ N_miss :function (x)
## .. ..$ N_nonmiss:function (x)
## .. ..$ p_miss :function (x)
## .. ..$ p_nonmiss:function (x)
## ..$ grade :List of 7
## .. ..$ n :function (x)
## .. ..$ p :function (x)
## .. ..$ N_obs :function (x)
## .. ..$ N_miss :function (x)
## .. ..$ N_nonmiss:function (x)
## .. ..$ p_miss :function (x)
## .. ..$ p_nonmiss:function (x)
## ..$ response:List of 7
## .. ..$ n :function (x)
## .. ..$ p :function (x)
## .. ..$ N_obs :function (x)
## .. ..$ N_miss :function (x)
## .. ..$ N_nonmiss:function (x)
## .. ..$ p_miss :function (x)
## .. ..$ p_nonmiss:function (x)
## $ type :List of 3
## ..$ age : chr "continuous"
## ..$ grade : chr "categorical"
## ..$ response: chr "dichotomous"
## $ value :List of 3
## ..$ age : NULL
## ..$ grade : NULL
## ..$ response: int 1
## $ missing : chr "no"
## $ missing_text: chr "Unknown"
## $ missing_stat: chr "{N_miss}"
## $ sort :List of 1
## ..$ grade: chr "alphanumeric"
## $ percent : chr "column"
## $ include : chr [1:3] "age" "grade" "response"